L'histoire du berger australien est vague, c'est la raison pour laquelle il en existe de nombreuses versions.
Il est considéré par certains comme une race d'origine basque, utilisée par les bergers espagnols. D’autre part, on sait qu'il a migré dans l'ouest de l'Amérique du Nord aux 19e et 20e siècles. La race, telle que nous la connaissons aujourd'hui, n'existait pas avant l'époque victorienne. Des variations locales des ancêtres de la race actuelle sont arrivées en Amérique avec leurs propriétaires d'élevage. En effet, des troupeaux de moutons espagnols ont été importés aux USA avec leurs bergers et les auxiliaires canins de ceux-ci, afin de nourrir les populations américaines et de fournir de la laine.
Dans l’Ouest américain, les conditions étaient différentes de celles présentes en Europe. Les chiens espagnols se sont bien adaptés au travail sur ce nouveau territoire, plus sauvage et plus dangereux. Ils ont été très appréciés pour leur capacité à protéger les troupeaux contre les prédateurs sur la vaste plaine ouverte.
D’autres races ont contribué à la genèse du berger australien ; on peut citer certains chiens britanniques, ainsi que des races de chiens de l'Allemagne et de l'Espagne, y compris les Leones CAREA, excellents chiens de travail sur troupeau.
Du fait de leur activité, les éleveurs de troupeau ont préféré sélectionner leurs chiens sur leurs aptitudes au travail, plutôt que sur leur beauté. Ils ont donc croisé des chiens qui, selon eux, produiraient de meilleurs auxiliaires de travail, tout en étant adaptés au climat et aux conditions de travail locales.
En effet, dans les zones arides et semi-arides habitées par les colons espagnols, les températures variaient entre les extrêmes chaud et froid ; les paysages, multiples, allaient du niveau de la mer aux montagnes enneigées de la Sierra Nevada et autres chaines montagneuses similaires.
Les éleveurs de ces régions emmenaient souvent paître le bétail sur les plages à courte distance. Ils ont préféré des chiens plus agressifs, qui pouvaient servir en tant que chien gardien de troupeau.
Avec la ruée vers l'or de Californie en 1849, une migration massive est survenue sur la côte ouest avec des orientaux venus entre autres d’Autralie. Ceux-ci sont venus avec leurs propres troupeaux de moutons et leurs propres chiens, des chiens tout aussi efficaces pour mener des moutons. Les chiens en provenance d'Australie avaient déjà commencé à être sélectionnés et élevés en captivité pour des climats et des terrains qui étaient souvent similaires à la Californie.
On ne sait pas vraiment d'où est venu le nom "australien", mais il est possible que beaucoup de chiens en provenance d'Australie aient été de couleur bleu merle et l'adjectif "Australian" aurait été associé à tous les chiens ayant cette couleur de robe.
L'histoire plus récente de la race est plus claire : elle a été développée en Arizona, en Californie, au Colorado, en Idaho, au Nevada et du côté du Pacifique Nord-Ouest.
La reproduction sélective pendant plusieurs générations fut ensuite axée sur les aspects du chien qui lui ont permis de fonctionner comme un « stockdog » très utilisé dans l'Ouest américain. Un « stockdog » est un chien qui travaille auprès des troupeaux, en tant que gardien ou/et comme meneur.
Le berger australien a été amélioré pour supporter les phénomènes météorologiques violents. Sa vitesse, son athlétisme, son intelligence, son énergie et son endurance ont été sélectionnés, en même temps qu’on recherchait un chien intelligent, flexible et indépendant, tout en restant obéissant.
Les bases fondatrices du berger australien ont été établies entre les années 1940 et le début des années 1970, quand le « Australian Shepherd Club of America » (ou ASCA, le club américain du berger australien) a été formé et que le registre a été créé.
Aujourd’hui, les bergers australiens sont devenus populaires et exercent dans l’environnement du rodéo, en agility, au troupeau, au flyball et de nombreux autres sports canins.
